有機肥生產過程中的臭氣來源：有機肥生產中的臭氣主要來自原料腐爛變質、有機肥發酵和有機肥烘干等。有機肥生產中的惡臭物質種類多，來源廣泛，一般有氨味、硫化氫味等等，對人體呼吸、消化、心血管、內分泌及神經系統都會造成不同程度的毒害，某些臭氣即使無健康上的危害，也存在對人精神或情緒上的刺激與影響。 堆肥過程中臭氣產生階段：主要產生于發酵的初階段，由于易分解有機物質的快速降解消耗大量氧氣，從而造成局部缺氧而產生小分子有機物質和硫化氫等。此時，由于pH較低不易產生氨揮發，大約1-2周后，隨著堆肥pH值升高而出現大量氨揮發。此時，堆肥已逐步完成堆肥一次發酵。 堆肥過程中臭氣抑制與消除：通過調節材料的通氣性、增加通風量和添加吸附材料等均可在某些程度上抑制臭氣的產生。但是，由于發酵材料數量大、臭氣產生集中和場地相對封閉等原因，致使發酵場地內臭氣濃度極高，有時場地內氨濃度高達300mg/L以上。這也造成了大量養分的損失。需要采取措施收集和處理。 建廠時，配套建設除臭裝置或采取除臭措施：近年來，隨著環境污染治理逐漸完善，臭氣污染投訴越來越多。我國對揮發性有機物的污染問題越來越關注，在工廠設施建設時，同時建立適當規模的除臭裝置是防止空氣污染和減少與周邊居民發生糾紛的根本。如果無視除臭對策，等與周邊居民發生了糾紛或被環境部門批評后再進行建設，那時所花的費用將更多。 目前，消除臭氣的方法有很多種，如水洗法、化處理法、燃燒法、吸附法、空氣稀釋法、掩蔽法、臭氧氧化法、等離子體以及生物除臭法等。 生產上用的較廣泛的一種就是生物除臭法，此種方法則是在生物的作用下，通過生物化學反應來分解、轉化臭氣成分以達到除臭目的。目前，應用的是利用微生物來處理臭氣。因此，也叫微生物除臭法。這種方法更大的優點是運轉成本低、節省能源與資源和易于維護等。 近即將出臺的環保稅法，或將成為有機肥生產企業頭上的“達摩克利斯之劍”。短期來看，環保稅的征收將在某些程度上增加企業的稅負負擔，但長遠來看，這對整個有機肥行業來說是一個利好的消息，目前有機肥行業市場混亂，產品同質化嚴重，惡性競爭激烈，假冒偽劣產品以次充好，擾亂市場，如果加大環保方面的治理力度的話，對于有機肥行業來說，有助于行業生產技術更新，有利于行業轉型升級發展。 另外目前有機肥市場亂象的主因是小企業太多，而且缺乏資金去上環保設備，如果加大環保力度，剩余一些行業精英去公平競爭，這將利于有機肥行業健康發展，有利于子孫后代的可持續。
